Guanajuato ha registrado cerca de 800 fosas clandestinas desde 2009 hasta mayo de este año, según el Informe sobre el Registro Estatal de Fosas elaborado por Fabrizio Lorusso de la Universidad Iberoamericana León. La Fiscalía General del Estado de Guanajuato (FGEG), los municipios y la Comisión Estatal de Búsqueda de Personas (CEBP) presentan información discrepante sobre estos hallazgos y el número de cuerpos depositados en fosas comunes.
El informe destaca deficiencias en el sistema de registro en línea habilitado por la CEBP desde octubre de 2025. A casi un año de su funcionamiento, aún se presentan omisiones y diferencias en comparación con los datos proporcionados por la fiscalía y los municipios. Se señala que la Ley para la Búsqueda de Personas Desaparecidas en el Estado establece que el Registro Estatal de Fosas debe incluir un acceso para familiares de personas desaparecidas, pero no hay evidencia del mismo.
Lorusso realizó una comparación de datos entre la FGEG, la CEBP y colectivos de familiares, concluyendo que hasta el 30 de junio de 2024 se documentaron al menos 660 fosas clandestinas, ubicadas en 33 de los 46 municipios de Guanajuato, y de las cuales se exhumaron 1,245 cuerpos o restos humanos. La cifra aumentó a cerca de 800 fosas para mayo de 2026.
El informe critica que el módulo de la CEBP no represente el total de fosas ni cumpla con los protocolos establecidos, lo que dificulta la trazabilidad de los hallazgos. También se pone de manifiesto la falta de registros fotográficos accesibles para familiares y la ausencia de datos verificados, lo cual pone de relieve una falta de homologación entre las bases de datos de las distintas instituciones.
Además, se observa que las fosas comunes en panteones municipales constituyen escenarios adicionales de búsqueda. Sin embargo, las cifras de la CEBP sobre cuerpos sin identificar no incluyen aquellos en el panteón forense de la FGEG, evidenciando la necesidad de una coordinación más efectiva entre las autoridades.
Miembros del colectivo Hasta Encontrarte denunciaron la opacidad en la gestión de desaparecidos y afirmaron que esta situación los ha llevado a crear sus propias bases de datos. Ellos han recogido información complementaria que cuestiona las cifras oficiales y la identificación de cuerpos.
Finalmente, se presentaron denuncias sobre la entrega de restos humanos incompletos o erróneos por parte de la fiscalía, poniendo en cuestión la validez y efectividad de los procedimientos actuales en el manejo de desaparecidos en el estado.